Einer Verlautbarung von Ende April 2016 nach schätzt die EZB die mit der Wahrnehmung ihrer Aufsichtsaufgaben im Bankensystem verbundenen Gesamtkosten für 2016 auf 404 Millionen Euro. Dies entspricht einem Anstieg von 23,9 Prozent gegenüber dem 2015 in Rechnung gestellten Betrag. Der Meldung zufolge entfallen 88,4 Prozent auf die 129 bedeutenden Banken und 11,6 Prozent auf die 3 200 weniger bedeutenden Banken. Hauptbestandteil der Kosten sind die unmittelbaren Aufwendungen der für die Bankenaufsicht zuständigen Generaldirektionen der EZB und des Sekretariats des Aufsichtsgremiums im Rahmen ihrer Tätigkeit. Nach einer Analyse der im ersten Jahr ihrer Aufsichtstätigkeit gewonnenen Erfahrungen hat die EZB beschlossen, ihre Aufsichtsressourcen aufzustocken. Zusammen mit Maßnahmen, die auf bestimmte Bereiche abzielen, in denen zusätzliche Aufsichtsanstrengungen erforderlich sind, entstehen damit höhere Kosten für die Umsetzung der Anfang 2016 festgelegten Aufsichtsprioritäten.
Die Zahl der in der Bankenaufsicht tätigen EZB-Mitarbeiter stieg 2016 um 160 Vollzeitäquivalente. Für 2017 wird ein weiterer, wenn auch geringerer Anstieg erwartet. Der zusätzliche Personalbedarf zieht zudem etwas höhere Raumkosten nach sich. Darüber hinaus steigen die mit der Beteiligung der EZB an dem alle zwei Jahre durchgeführten Stresstest der Europäischen Bankenaufsichtsbehörde und mit der gezielten Überprüfung interner Modelle verbundenen Kosten.
Seit November 2014 baut die EZB stufenweise ihre Organisationsstrukturen auf. Grundlage dafür sind "sehr vorsichtige" Schätzungen ihres Ressourcenbedarfs, wobei zu berücksichtigen ist, dass sich dieser im Lauf der Zeit ändern kann. Der Gesamtbetrag der jährlichen Aufsichtskosten der EZB wird sich voraussichtlich erst mittelfristig auf einem stabilen Wert einpendeln.
Die Gebühren für die einzelnen Banken werden anhand der Bedeutung und des Risikoprofils jedes Instituts unter Anwendung der von allen beaufsichtigten Banken zum Stichtag 31. Dezember des Vorjahres gemeldeten Gebührenfaktoren bestimmt. Die Aufsichtsgebühr wird auf der obersten Konsolidierungsebene innerhalb der am Einheitlichen Aufsichtsmechanismus (SSM) teilnehmenden Mitgliedstaaten festgesetzt. Sie ist die Summe aus einer Mindestgebührenkomponente für alle Banken, die sich auf 10 Prozent des zu erstattenden Betrags beläuft, und einer variablen Komponente für die Aufteilung der übrigen 90 Prozent der Kosten. Bei den kleinsten bedeutenden Instituten mit Gesamtaktiva von weniger als 10 Milliarden Euro wird die Mindestgebührenkomponente halbiert. Die Banken erhalten ihren Gebührenbescheid im Oktober 2016.