Die Deutsche Bundesbank bietet Banken und öffentlichen Verwaltungen seit Anfang November 2009 die Abwicklung von Sepa-Lastschriften an. Unter den ersten eingereichten Verbindungen befanden sich auch Einzüge für die Bundesfinanzverwaltung. Durch die Vorreiterfunktion der öffentlichen Verwaltung erhofft sich die Bundesbank ein positives Momentum bei der Verbreitung der Lösung bei den Verbrauchern. Das Instrument der Sepa-Lastschrift soll die bisherigen nationalen Einzugsverfahren mittelfristig ersetzen. Es kann erstmals auch für grenzüberschreitende Euro-Einzüge in 32 europäischen Ländern genutzt werden. Für den Erfolg gilt es aus Sicht der Bundesbank jedoch noch einige Hindernisse aus dem Weg zu räumen. So fehle derzeit noch eine gesetzliche Regelung für die Umwandlung der bestehenden Einzugsermächtigungen in Sepa-Mandate. Darüber hinaus müsse Investitionssicherheit durch ein verbindliches Enddatum für die nationalen Lastschriftverfahren geschaffen werden.
Mit ihrem "Elektronischer Massenzahlungsverkehr" (EMZ), so die Bundesbank, stehe den teilnehmenden Kreditinstituten und öffentlichen Kassen ein leistungsfähiges, abwicklungssicheres und wettbewerbsneutrales System für das Interban-ken-Clearing im Massenzahlungsverkehr zur Verfügung. Mit mehr als zehn Millionen Transaktionen pro Tag zählt es zu den großen Clearingsystemen in Europa. Das neu geschaffene Sepa-Clearing-Verfahren im EMZ, an dem rund 100 Kreditinstitute in Deutschland direkt teilnehmen, ermöglicht eine europaweite Abwicklung von Sepa-Zahlungen. Rund 4 500 Kreditinstitute können bislang mit der Sepa-Überweisung in Europa erreicht werden. Mit dem Sepa-Lastschriftverfahren sind es derzeit rund 2 400 Kreditinstitute. Ab November 2010 sind alle europäischen Kreditinstitute rechtlich zur Aufnahme von Sepa-Lastschriften verpflichtet.